DNA甲基化是指在DNA甲基转移酶（DNAmethyl-transferase, Dnmts）的催化下，生物体利用S-腺苷甲硫氨酸作为甲基供体，将胞嘧啶转变为5-甲基胞嘧啶（mC）。这种化学修饰通常导致基因表达的抑制，而去甲基化则会促使基因的重新活化和表达。这一过程在不改变基因序列的情况下，实现了对基因表达的调控，因而对生物体的发育和功能具有重要影响。

借助亚硫酸氢盐处理基因组DNA，可以将所有未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶则保持不变。接下来，设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行聚合酶链反应（PCR）。通过电泳检测甲基化特异性PCR（MSP）扩增产物，如果使用针对处理后甲基化DNA链的引物能够得到扩增片段，就表明该位点存在甲基化；反之，则说明该位点未发生甲基化。

此外，通过亚硫酸氢盐处理基因组DNA，未发生甲基化的胞嘧啶会被转化为尿嘧啶，甲基化的胞嘧啶不受影响。此后，设计Bisulfite Sequencing Primer（BSP）进行PCR扩增，过程中尿嘧啶将全部转化为胸腺嘧啶。最终，将PCR产物克隆至载体并进行测序，就可以判断CpG位点是否发生甲基化，这种方法被称为BSP-克隆测序法。

对样本的处理要求包括：动物组织应收集新鲜的100mg（约等于黄豆大小），至少50mg（约等于绿豆大小），并在干冰中运输；对于细胞样本，需准备1×10⁶个细胞，收集细胞沉淀并干冰运输；全血样本应至少采集1mL新鲜血液，使用EDTA抗凝管，并在-20℃下运输。

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